Continúa a historia da cidade que orixinalmente se chamou Reino de Nova Galiza.
Tamén está o antigo colexio xesuíta de Santo Tomás de Aquino, construído na última década do século XVI e que en 1792 foi ocupado pola Universidade. Da construción só queda o que foi a igrexa, coa súa cúpula monumental do século pasado, e a anexa capela de Loreto, construída en 1695 por Juan María de Salvatierra. O templo de San Xoán de Dios, que antigamente era a capela de Santa Veracruz, construído no século XVI por don Pedro Gómez Maraver, foi construído no século XVIII cunha fachada barroca de características sobrias. A igrexa da Mercé, cun estilo barroco similar á de San Xoán de Deus, aínda que máis ornamentada, foi fundada no século XVII polos frades Miguel Telmo e Miguel de Albuquerque.
O templo da Soidade construíuse cara a finais do século XVII e principios do XVIII a petición de Juana Romana de Torres e o seu marido, o capitán Juan Bautista Panduro. No lugar atopábase a confraría da Nosa Señora da Soidade e o Santo Sepulcro, ocupando unha capela dedicada a San Francisco Xavier. O templo e a escola de San Diego, obra do século XVII; o primeiro cunha fachada moi sobria que xa parece pertencer ao estilo neoclásico e o segundo cunha fermosa arcada que adorna o seu antigo claustro.
A igrexa de Jesús María, anexa ao convento do mesmo nome, foi fundada en 1722; aínda conserva as súas fachadas barrocas, nas que se poden ver grandes esculturas que representan a Sagrada Familia, a Virxe da Luz, San Francisco e Santo Domingo.
Por último, é importante destacar tres construcións relixiosas máis que xurdiron como os mellores exemplos, cada un do seu tipo, do desenvolvemento da arquitectura colonial en Guadalaxara, principalmente entre os séculos XVII e XVIII. Así temos a capela de Aránzazu, de mediados do século XVIII, coa súa curiosa espadana e o seu interior decorado con magníficas pinturas e retablos churriguerescos da mesma época e considerados os mellores da cidade. O convento e igrexa de Santa Mónica, fundado polo padre Feliciano Pimentel na primeira metade do século XVIII; o seu templo presenta unha dobre fachada cunha rica ornamentación clasificada como o mellor exemplo do exuberante estilo barroco salomónico. O templo de San Felipe Neri, construído en 1766 polo arquitecto Pedro Ciprés, forma un conxunto de sobriedade extraordinaria que incorpora elementos con reminiscencias platerescas na súa ornamentación, aspecto que sitúa ao templo como o mellor edificio relixioso de Guadalaxara.
Nas construcións que corresponden á arquitectura civil hai algúns edificios admirables, entre os que podemos mencionar o Palacio do Goberno, antigas casas reais que foron modificadas no século XVIII tras un proxecto do enxeñeiro militar Juan Francisco Espino, aínda que a fachada era obra de Miguel José Conique. O edificio foi concibido esencialmente no estilo barroco, pero nela xa se notan certas tendencias neoclásicas. Os despachos reais, que estaban no desaparecido Palacio de Medrano, e as salas de audiencia operaron no local.
Tamén temos o que foi o Seminario Conciliar dedicado a San José, inaugurado polo bispo Galindo y Chávez en 1701, hoxe ocupado polo Museo Rexional de Guadalaxara, co seu claustro principal de columnas de estilo toscano e as súas portas barrocas. O famoso Hospicio Cabañas construído a principios do século XIX, seguindo os planos do ilustre arquitecto Manuel Tolsá, dirixindo a obra José Gutiérrez e rematada anos despois polo arquitecto Gómez Ibarra, e que constitúe un notable exemplo do estilo neoclásico.
Entre outras construcións menores que proporcionaron unidade estilística á cidade de Guadalaxara, podemos mencionar, aínda que non se conservan todas: a señorial mansión do século XVI que se atopaba fronte á que antes era a praza de San Sebastián no barrio de Analco. A casa da rúa da Alhóndiga no 114, actualmente Pino Suárez. As residencias da familia Sánchez Leñero no 37 e a do señor Dionisio Rodríguez no 133 na rúa de Alcalde. A casa Calderón, unha tradicional tenda de doces coloniais fundada en 1729 e situada na esquina das vellas rúas de Santa Teresa e Santuario, hoxe Morelos e Pedro Loza; a de Francisco Velarde, ao estilo neoclásico e, finalmente, a que foi a mansión Cañedo, situada fronte á parte traseira da Catedral.
Nas inmediacións de Guadalaxara, a terceira cidade máis importante do país, atópase o casco antigo de San Juan Bautista Melzquititlán, hoxe San Juan dos Lagos. Esta cidade converteuse nun importante centro relixioso debido á gran tradición milagreira da imaxe da Virxe María que conserva a súa basílica, construída a mediados do século XVII por don Juan Rodríguez Estrada. Na mesma cidade pódense ver outras construcións como o templo da terceira orde, a capela do Calvario, a capela do primeiro milagre, que datan dos séculos XVII e XVIII. Tamén hai importantes edificios civís na poboación, como o Palacio do Colexio e o edificio do Décimo, entre outros.
Na cidade de Lagos de Moreno pódese ver a súa parroquia principal, unha obra do século XVII cunha fermosa fachada de estilo churrigueresco.
Por último, en San Pedro Tlaquepaque hai algúns exemplos de arquitectura relixiosa barroca na rexión, como a parroquia de San Pedro e o templo da soidade.
