Con só tres ou catro meses de choiva ao ano, Colima foi capaz de cumprir as condicións necesarias para a vida humana grazas aos numerosos regatos procedentes das partes altas do Volcán de Fuego. A evidencia demostra que o home se asentou neste val arredor do 1.500 a.C.
A cultura coñecida como Complejo Capacha foron sociedades agrícolas e sedentarias que deron lugar á famosa tradición das tumbas de fuste: cámaras mortuorias nas que se depositaban ricas ofrendas e ás que se accedía por un fuste vertical e redondo de 1,20 a 1,40 m de diámetro. No centro recreativo de Tampumachay, na cidade de Los Ortices, hai tres tumbas co fuste e as bóvedas orixinais e no interior unha serie de vasos e ferramentas de pedra ofrecidos aos mortos.
Cando a relixión tivo un maior peso na organización social, a partir do 600 d.C., comezaron a construírse espazos cerimoniais a partir de prazas, patios delimitados e plataformas rectangulares de dimensións considerables. Os asentamentos máis complexos arquitectónicamente non se desenvolveron ata despois do 900 d.C.
O lugar que mellor representa esta etapa é La Campana. É un gran asentamento -a súa superficie cerimonial superou as 50 hectáreas- cunha sucesión de plataformas rectangulares. Na parte superior destas plataformas hai áreas probablemente relacionadas co almacenamento de grans. Hai tamén complexos sistemas residenciais que, sen dúbida, deberían ser ocupados por líderes civís e relixiosos.
Neste sitio destacan dous aspectos: a localización de tumbas de fuste integradas en espazos cerimoniais e a existencia dunha complexa rede de canalizacións de drenaxe e auga.
Outro xacemento arqueolóxico importante en Colima é El Chanal, situado a uns 6 km ao norte da cidade, que debe ter unha extensión máxima de 200 hectáreas. Ao estenderse ás dúas beiras do río Colima, coñécese como El Chanal Este e El Chanal Oeste. Este último, aínda que non foi completamente investigado, presenta unha complexidade evidente, xa que conta con patios, prazas, estruturas, canles e rúas. El Chanal Este, pola súa banda, foi destruído en gran parte porque a cidade moderna que leva o seu nome estableceuse nas súas ruínas.
As investigacións demostran que no lugar hai elementos indicativos do dobre templo, o concepto de banco-altar e os altares-plataformas de pequenas dimensións, así como un gran número de esculturas a granel, gravados e relevos de pedra; figuras relacionadas cos xantiles; cerámica policromada formando contornos de aguias e serpes con plumas; e por último, o metal. Pero o máis destacado desta cultura é a presenza do fenómeno urbano e a existencia do calendario.
