Os restos arqueolóxicos de Ixtépete, un centro cerimonial preto da cidade de Guadalaxara no concello de Zapopan e os achados recentes de máis de vinte tumbas de fuste no val de Atemajac, permiten inferir que houbo ocupacións importantes durante o período clásico (200). BC-650 AD)
Pouco antes da conquista, o Val estaba habitado na súa maior parte por grupos de Cocas e Tecuexes, congregados en pequenas aldeas dependentes do dominio de Tonallan, que foron sometidas sen moita resistencia por Nuño Beltrán de Guzmán en 1530.
A finais do ano seguinte, Guzmán emprendeu a conquista cara ao norte, encomendando a Juan de Oñate cruzar o barranco do río Santiago e na medida do posible pero con prudencia, atopou unha poboación española sen expoñerse. Así, o 5 de xaneiro de 1532, preto de Nochistlán, no actual Zacatecas, fundouse Guadalaxara.
As condicións adversas aos colonos provocaron o traslado desta cidade a Tonalá, pero a estancia alí durou pouco e pouco despois os hispanos instaláronse preto de Tlacotan, onde permaneceron ata 1541. A rebelión dos caxcanes máis coñecida como a guerra do Mixtón, que puxo en serio perigo o dominio español, chegou ata os arredores de Guadalaxara. Coa revolta sufocada "polo lume e o sangue" polo poderoso exército dirixido polo vicerrei Antonio de Mendoza, a cidade alcanzou a paz pero quedou sen traballo indíxena, polo que, en busca dela, decidiron mover a poboación, atopando a Valle de Atemajac, onde se fixo a última e definitiva fundación o 14 de febreiro de 1542. Máis tarde confirmouse a noticia de que, case tres anos antes, o rei lle concedera o rango e os privilexios da cidade.
En 1546 o papa Paulo III creou o Obispado de Nueva Galicia e en 1548 estableceuse a Audiencia do mesmo nome; A sede de ambas xurisdicións foi, inicialmente en Compostela, Tepic, ata que en 1560 se ordenou o seu cambio a Guadalaxara, converténdoa así na xefatura xudicial do amplo territorio chamado entón Audiencia de Guadalaxara, a capital do Reino de Nueva Galicia e a sede do Bispado. Como todas as cidades españolas foron tiradas coma un taboleiro de xadrez da que era a praza de San Fernando e tamén como era costume, os barrios indíxenas de Mexicaltzingo, Analco e Mezquitán quedaron fóra do plan. Os franciscanos iniciaron o proceso de evanxelización, seguido dos agustinos e dos xesuítas.
Pouco a pouco, con dificultades e contratempos pero tamén con éxitos, Guadalaxara medrou e consolidouse como un centro económico e de poder, tanto que a mediados do século XVIII un número importante de ricos de Guadalaxara querían que Nova Galicia con Nueva Vizcaya integrasen un virreinato totalmente estranxeiro. á Nova España, un obxectivo non acadado porque as reformas político-administrativas de 1786 estaban á porta, o que modificou a estrutura territorial, dividindo todo o virreinato en 12 municipios, un dos cales era Guadalaxara.
Durante a colonia, especialmente no século XVIII, o boom económico deixou un legado arquitectónico, cultural e artístico cuxos testemuños aínda se conservan en toda a cidade.
Os aires independentistas que percorrían todo o territorio da Nova España penetraban en Jalisco, de xeito que cando estalou a Guerra da Independencia en distintos puntos do municipio houbo levantamentos.
O 26 de novembro de 1810, don Miguel Hidalgo, comandando un gran exército, entrou en Guadalaxara e foi recibido por José Antonio Torres, que pouco antes tomara a cidade. Aquí Hidalgo emitiu un decreto que abolía a escravitude, o papel estampado e as alcabalas e patrocinaba a impresión do xornal sublevado El Despertador Americano.
O 17 de xaneiro de 1811, os sublevados foron derrotados na ponte de Calderón e as tropas realistas de Calleja recuperaron Guadalaxara, asumindo o mando José de la Cruz, que co bispo Cabañas, aniquilou calquera estalido de rebelión.
Proclamada independencia en 1821, erixiuse o estado libre e soberano de Jalisco, deixando Guadalaxara como capital do estado e sede dos poderes.
A inestabilidade que prevaleceu ao longo de case todo o século XIX no país, agravada polas invasións estranxeiras, dificultouno, pero non impediu que o Estado e particularmente a súa capital continuasen o seu desenvolvemento en varias ordes. Exemplos tanxibles son: no segundo cuarto de século, a creación do Instituto de Ciencias do Estado; a construción da Escola de Artes e Oficios, o Xardín Botánico, o Penitenciario e o Panteón de Belén, así como a apertura das primeiras fábricas.
A principios dos anos oitenta apareceron tranvías urbanos de tracción animal, a luz eléctrica instalouse en 1884, en 1888 chegou o primeiro ferrocarril en México e o de Manzanillo en 1909. Nos anos noventa, don Mariano Bárcena fundou o Observatorio Astronómico e o Museo Industrial.
Durante a revolución, en Guadalaxara houbo algúns actos de rebelión contra a ditadura de Díaz, como folgas obreiras e protestas estudantís, e Madero foi recibido incluso en 1909 e 1910 con grandes manifestacións de simpatía. Non obstante, non houbo eventos belixerantes das secuelas. Por outra banda, a capital de Guadalaxara sufriu unha especie de estancamento que rematou en 1930 unha vez acordada a paz quebrantada pola guerra dos Cristeros, comezando un desexo de modernización que non rematou.
Vexa tamén Cidades coloniais: Guadalaxara, Jalisco
