Os relixiosos que entraron nos territorios despoboados do norte de Nova España tiveron a idea de converter as nacións "bárbaras" ao cristianismo e así integralos tamén na vida política, para fundar posteriormente escolas e cidades nas aldeas establecidas anteriormente por eles.
Para acadar estes obxectivos, os pais, sempre acompañados de grupos armados, achegáronse aos xentís e ofrecéronlles protección da Igrexa e da Coroa española a cambio de recibir educación cristiá. Os indios que aceptaron, congregáronse para construír unha misión, converténdose nun refuxio para os indios e nun lugar para aprender técnicas europeas de agricultura e outros oficios.
Unha vez completada a pacificación, a misión converteuse nunha nova cidade cunha igrexa, mentres que os misioneiros trasladáronse a outro lugar para reiniciar o seu traballo evanxelizador. Este sistema era arriscado, porque os indios do norte seguramente opuxeron certa resistencia, xa que eran máis hostís que os do centro e fuxiron cara ás montañas.
A conversión funcionou con base na concesión de terras e protección para os indios a cambio da obediencia. Os que se opuxeron foron castigados, mentres que os que organizaron rebelións foron executados.
Unha vez reunida a tribo indíxena, integrouse un núcleo ou cabeza principal, que estaba composto por varias cidades e aldeas que estaban suxeitas a ela. Os misioneiros residían na cabeceira e estaban ao mando de polo menos dúas aldeas visitantes. Tres ou máis misioneiros dependían dun reitor e dun visitante local. Estes establecementos xuntos formaron unha provincia.
Primeiro, erixiuse unha igrexa de pedra e arredor dela, con adobe, construíronse casas para os frades que ían evanxelizar, o sol, os dados e as familias indíxenas e, xeralmente, unha escola. Nos establecementos había o que poderiamos chamar unha primitiva estrutura económica. Tiñan zonas de cultivo, sementeira de terras, apertura de camiños e canles de rega; cría de gando, verduras e actividade artesá. Nas escolas ensinábase o catequismo, a lectura, a escritura e a música.
Co paso do tempo, algunhas misións foron completamente abandonadas debido a diversos acontecementos, como a expulsión dos xesuítas en 1767, a propagación de enfermidades provocadas polos españois, os ataques dos indios "bárbaros", as condicións meteorolóxicas, as longas distancias e os poucos cartos para mantelos. Algunhas consérvanse hoxe en día como igrexas e outras conforman poboacións de gran importancia. Non obstante, nalgunhas misións só se coñece o lugar da súa localización inicial e noutras só quedan ruínas.
Os xesuítas estableceron misións en Baixa California Norte e Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, norte de Nayarit, parte de Durango e Coahuila. Despois da súa marcha, os dominicos instaláronse ao norte de Baixa California, mentres que os franciscanos evanxelizaron Tamaulipas e Nuevo León e substituíron aos misioneiros da Orde de Loyola na parte sur de Baixa California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango e Coahuila. No centro norte, despois da rebelión dos zacatecos —que impediu que continuasen as misións franciscanas— os indíxenas organizáronse en conventos.
En 1563 o capitán Francisco de Ibarra percorreu o territorio que inclúe o actual estado de Sinaloa e fundou algunhas cidades. Non obstante, estes non duraron moito e non foi ata 1591 que por ordes do gobernador de Nova Vizcaya, os pais xesuítas Gonzalo de Tapia e Martín Pérez recibiron o encargo de evanxelizar a rexión.
Os relixiosos cruzaron a Sierra Madre Occidental en maio dese mesmo ano, entrando por Acaponeta, Nayarit e pasando por Culiacán chegaron ao lugar, onde o 6 de xuño de 1591 fundaron o seu primeiro edificio: San Felipe de Sinaloa.
