Como non sabían ata onde se estendía o norte do país, os xesuítas chegaron a Chihuahua. No século XVII, o estado actual estaba constituído na súa parte suroeste pola coñecida como rexión de Chínipas, mentres que o resto do territorio estaba dividido entre o Tarahumara superior e o inferior.
Os primeiros intentos de evanxelizar Chihuahua procederon das viaxes realizadas polos xesuítas, asentadas anteriormente no estado de Sinaloa. A primeira que se construíu na rexión foi a erixida polo padre Juan Castini en 1621 e coñecida como a misión Chínipas.
Os xesuítas traballaban nas montañas entre os indios Tepehuanes, Guazaparas e Tarahumara, mentres que os franciscanos traballaban nos vales e chairas. O primeiro misioneiro estable na rexión de Chínipas foi o xesuíta Pai Julio Pascual, martirizado en 1632 xunto co Pai Manuel Martínez. En 1680, frei Juan María Salvatierra deu un vigoroso impulso á misión que se consolidou nos anos 1690 e 1730. A mediados do século XVII as misións xesuítas da rexión de Chínipas convertéronse nunha das mellor organizadas e avanzadas.
Ao sur atopábase o Nabogame, onde aínda se pode ver a igrexa, o curador e a casa da misión que o padre Miguel Wiytz construíu en 1744. Baborigame Satevo está situado na mesma zona, que gañou un novo vigor coa administración do padre Luis Martín. e Tubares, fundada en 1699 polo padre Manuel Ordaz e resucitada pola administración do historiador Félix Sebastián. Este último era considerado un dos máis ricos en igrexas, casas, gando e ranchos. No centro atópanse as misións de Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana e no norte Babarocos e Moris.
A zona de Tarahumara Baja foi evanxelizada por primeira vez polo padre Juan Fonte, que fixo a súa primeira entrada en 1608. En 1639, o pai Jerónimo Figueroa construíu a misión de San Pablo Balleza e a de Huejotitán (San Jerónimo), mentres ao mesmo tempo o padre José Pascual construía San Felipe. Dentro da mesma rexión de Tarahumara tamén se atopan La joya, Santa María das Cuevas e San Javier Savetó, esta última misión construída en 1640 polo padre Virgilio Máez.
En canto ao territorio da Tarahumara Alta, que abarcaba o centro e o norte desta entidade, o traballo de evanxelización comezou polos pais Tardá, Guadalaxara, Celada, Tarkay e Neuman. As misións incluídas nesta rexión foron: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí ou Temeichi, Coyachi ou Coyachic, Tomochi ou Tomochic, Tutuaca ou Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi e Tesomachi. A mediados do século XVII, a misión xesuíta de Chihuahua converteuse na mellor organizada e administrada, a excepción das de California.
No territorio de Chihuahuan tamén houbo o labor misioneiro dos franciscanos. O obxectivo dos relixiosos era completar o vínculo que xa existía no norte de Zacatecas, para o que fundaron conventos en Chihuahua e Durango. Os conventos, como os xesuítas, tiñan que cumprir o obxectivo de evanxelizar aos infieis. Os edificios feitos foron o de Nosa Señora do Norte, que agora é Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro dos Conchos, Bachiniva ou Bacínava (Nosa Señora da Natividade). ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua e Casas Grandes.
