Hidalgo marchou a Aguascalientes e dirixiuse a Zacatecas. Desde Zacatecas, Hidalgo pasou polas Salinas, o Venado, Charcas, Matehuala e o Saltillo.
Aquí determinouse que os principais líderes, coas mellores tropas e o diñeiro, marcharon aos Estados Unidos. Xa de camiño, foron feitos prisioneiros polos realistas o 21 de marzo nas Norias del Baján ou Acatita del Baján. Hidalgo foi levado a Monclova, de alí marchou o 26 de marzo polo Alamo e Mapimí e o 23 entrou en Chihuahua. Despois formouse o proceso e o 7 de maio tomouse a primeira declaración. O carácter eclesiástico de Hidalgo provocou que o seu xuízo se demorase máis que o dos seus compañeiros. A sentenza de degradación pronunciouse o 27 de xullo e o 29 de xullo foi executado no Hospital Real onde estaba preso Hidalgo. A corte marcial condenou ao preso a armas, non nun lugar público como os seus compañeiros, e disparouno ao peito e non ás costas, preservando así a cabeza. Hidalgo escoitou a frase con calma e preparouse para morrer.
O seu último día describiuse do seguinte xeito: “De volta á prisión, serviulle un almorzo de chocolate e, tomado, suplicou que no canto de auga lle servisen un vaso de leite, o que rematou cunha extraordinaria mostra de apetito e pracer. Un momento despois dixéronlle que chegou o momento de ir á tortura; Escoitouno sen alteracións, levantouse e declarou que estaba preparado para marchar. En efecto, saíu do horrible cubo no que se atopaba e, avanzado a quince ou vinte pasos, detívose un momento, porque o oficial da garda lle preguntara se lle ofrecían algo para dispoñer do último; A isto respondeu que si, que quería que lle trouxeran uns doces que deixara nas almofadas: de verdade os trouxeron e, repartíndoos entre os mesmos soldados que lle ían facer lume e marcharon detrás del, animounos e reconfortounos co seu perdón e as súas palabras máis doces para facer o seu traballo; E como sabía moi ben que lle mandaran non disparar na cabeza, e temía que sufrise moito, porque aínda era luscofusco e os obxectos non se vían claramente, concluíu dicindo: "A man dereita que vou poñer no peito será , meus fillos, o obxectivo seguro ao que debes ir ”.
"O banco da tortura fora colocado alí nun curro interior do referido colexio, a diferenza do que se fixo cos outros heroes, que foron executados na pequena praza detrás do devandito edificio e onde se atopa hoxe o monumento. iso recórdanos a el e ao novo centro comercial que levaba o seu nome; E cando o Hidalgo soubo do lugar ao que ía, marchou cun paso firme e sereno e sen permitir que se vendaran os ollos, rezando cunha forte e fervente voz o salmo Miserere me; Chegou ao andamio, bicouno con resignación e respecto e, a pesar dalgún altercado que non o fixo sentar de costas, tomou o asento cara á fronte, colocou a man no corazón, lembrou aos soldados que este era o punto onde o deberían disparar e, un momento despois, estoupou a descarga de cinco rifles, un dos cales atravesou efectivamente a man dereita sen ferir o corazón. O heroe, case impasible, tensou a súa oración e as súas voces quedaron silenciadas cando voltaron a detonarse outros cinco fociños de rifle, cuxas balas, ao pasar o corpo, romperon os lazos que o unían ao banco e o home caeu nun lago de sangue. aínda non morrera; eran necesarias tres balas máis para acabar con esa preciosa existencia, que respectara a morte desde fai máis de 50 anos ".
O sol apenas nacera cando xa se puxera ao público, nunha cadeira e a unha altura considerable e precisamente no exterior da súa. A súa cabeza, coas de Allende, Aldama e Jiménez, foi colocada en gaiolas de ferro nas esquinas da Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato. O corpo foi enterrado na terceira orde de San Francisco de Chihuahua e en 1824 o maleteiro e a cabeza foron levados a México para ser enterrados con gran solemnidade.
