Construída nas ladeiras dos outeiros, a estrutura urbana desta cidade tivo que adaptarse aos aspectos topográficos do terreo, aínda que tratando de respectar unha forma reticular coma un taboleiro de xadrez.
Este aspecto a longo prazo permitiulle medrar dunha forma medida e harmoniosa, que ao longo dos séculos conservou o seu carácter orixinal. A súa fundación xurdiu da necesidade de protexer e protexer aos viaxeiros que transitaban entre Zacatecas e a capital do entón reino de Nova España, transportando principalmente minerais e que foron asediados polos nómades indíxenas da nación Chichimeca. Ao redor do ano 1542, Frei Juan de San Miguel estableceu nas inmediacións da cidade actual unha cidade co nome de Itzcuinapan, dedicando ao arcanxo San Miguel como patrón. Esa primitiva poboación tivo graves problemas co abastecemento de auga, ademais dos continuos e violentos ataques dos indíxenas chichimecas das rexións circundantes. Por esta razón, os habitantes da Vila de San Miguel trasladaron o asentamento uns quilómetros ao nordés; Ese foi o lugar onde en 1555, a petición do vicerrei don Luís de Velasco, a vila de San Miguel o Grande sería fundada por don Ángel de Villafañe. O vicerrei tamén reclamou que se instalasen alí veciños españois aos que se lles concederían terras e gando, mentres que aos indíxenas que vivían nela se lles perdoaría a homenaxe e estarían gobernados polos seus propios xefes para evitar futuras rebelións.
O 8 de marzo de 1826, o Congreso estatal converteuna en cidade e cambiou o seu nome, que en diante sería San Miguel de Allende, en homenaxe ao famoso sublevado que alí naceu en 1779.
Dentro desta atractiva imaxe colonial, albergan varios pazos realmente notables da época. Entre os máis destacados están o Palacio Municipal, antigo concello construído en 1736. A casa onde naceu Ignacio Allende, un exemplo da arquitectura barroca da cidade, especialmente na súa fachada, e que actualmente é o Museo Rexional. A Casa do Mayorazgo da Canle, cunha fermosa fachada neoclásica, foi completada cara a finais do século XVIII por José Mariano da Canle e Hervas, rexedor, deán e alférez real. A antiga casa solariega de Don Manuel T. de la Canal, unha construción de 1735 que foi reacondicionada segundo un proxecto do ilustre arquitecto español Don Manuel Tolsá en 1809; o edificio alberga actualmente o Instituto Allende e destaca a amplitude dos seus patios interiores, unha fermosa capela e os seus extraordinarios arcos. A Casa do Inquisidor, que serviu de residencia do comisario do Santo Oficio e data de 1780. A Casa do Marqués de Jaral de Berrio, construída a finais do século XVIII, e a dos Condes de Loja coa súa elegante fachada.
En canto á arquitectura relixiosa, a cidade tamén posúe tesouros arquitectónicos de extraordinario valor, como a igrexa e o convento de Santo Domingo, un edificio sobrio de 1737. O convento Leal de la Concepción, que actualmente é o Centro Cultural, É un edificio notable polo seu enorme patio; Foi construído no século XVIII polo arquitecto Francisco Martínez Gudlño.
A capela da Santa Cruz do Chorro, unha das máis antigas; o templo da Terceira Orde, que data de principios do século XVII. O fermoso conxunto do templo e oratorio de San Felipe Neri, de principios do século XVIII; a igrexa ten unha exuberante fachada barroca feita en canteira rosa e decorada cunha forte influencia indíxena. O seu interior presenta unha variada e rica decoración entre mobles, esculturas e pinturas dignas de admiración, ademais da espléndida capela da Santa Casa de Loreto e o seu Camarín da Virxe, ambas exquisitamente decoradas e debido á devoción do marqués Manuel. Tomás de la Canal. Preto do oratorio atópase o templo da Nosa Señora da Saúde, construído no século XVIII coa súa fachada empotrada coroada por unha gran cuncha.
Tamén está entre os máis atractivos da cidade o templo de San Francisco, do século XVIII, coa súa fermosa fachada churrigueresca, e a famosa parroquia é case un símbolo de San Miguel de Allende; Aínda que a súa construción de estilo neogótico é máis recente, foi construída sobre a estrutura do antigo templo do século XVII, respectando plenamente o seu interior e o seu plan orixinal.
Moi preto da cidade atópase o santuario de Atotonilco, unha construción do século XIII de proporcións sobrias que semella unha fortaleza e no que se conservan valiosas pinturas do mesmo século.
