Para o orgulloso pobo de Tlaxcala, aliado e construtor da cidade nas conquistas castelás, debeu ser motivo de gran distinción que San Miguel, o príncipe das milicias celestiais, aparecese na súa cidade, deixando como outras invocacións o seu respectivo pote auga milagre.
O xa mencionado Padre Francisco de Florencia S.J. Tamén enriqueceu as crónicas de Tlaxcala coa "Narración da milagrosa aparición que o arcanxo San Miguel lle fixo a Diego Lázaro de San Francisco, un fregués indio da cidade de San Bernabé da xurisdición de Santa María Nativitas, estado de Tlaxcala", escrito neste colexio de San Pedro, 6 de marzo de 1690.
Corría o ano 1631 cando Diego Lázaro de San Francisco, que ía en procesión, aparecéuselle o Arcanxo sen que os demais se decatasen e ordenoulle que lle dixera á xente que nun barranco próximo o faría. brota un manancial de auga milagrosa para curar enfermidades. Como non cumpriu esta orde por medo a que non se lle dese crédito, o arcanxo castigouno e caeu enfermo de cocolixtli. Estando no extremo da morte apareceu de novo, pero agora todos viron unha gran luz que encheu a habitación, deixando medo. Cando volveron, atopárono san e el díxolles que o Arcanxo o levara ao lugar onde co seu bastón fixo caer a auga milagreira e deulle saúde. Inmediatamente os demos fuxiron en masa, o líder de Tlaxcala.
En 1645 o bispo de Puebla, Juan de Palafox e Mendoza, ordenou a construción do templo e da capela para o pozo. Isto cobre a beiravía e ten un relevo que representa o momento en que o arcanxo fai caer a auga antes de Diego Lázaro. A fachada da igrexa é manierista, ao gusto de Palafox.
Leva a súa heráldica e no tímpano alberga a escultura de alabastro de San Miguel. O frontón aberto está coroado co escudo de España, enmarcado pola cadea e o vellón.
